一、兼顾公正与效率的原则
公正与效率是刑事诉讼的两大价值目标。“公正是刑事司法的灵魂”，是刑事诉讼的核心价值。与此同时，效率也是刑事诉讼的重要价值，“公正在法律中的第二种含义就是指效率”。追求公正与效率是我国司法改革的目标，而侦查作为刑事司法的重要组成部分，也必然追求公正与效率。提高侦查效率、确保执法公正是我国侦查工作改革与发展的方向。
（一）追求公正、保障人权是侦查程序优先追求的价值目标侦查中的公正和人权保障，实际上涉及两个层面的问题，从表层看，它是对犯罪嫌疑人的人权保障，即通过推进司法文明，保障犯罪嫌疑人不受酷刑和其他非人道的待遇，它所保障的是犯罪嫌疑人的生命权、健康权、人格权等合法权益。从深层次而言，它是对全体公民的人权保障，包括被害人和证人及其广大公民的人权保障。那种将侦查中的人权保障视为只是对犯罪嫌疑人人权保障的观点是狭隘的、片面的。由于犯罪嫌疑人是强制性侦查的主要指向对象，在侦查中处于相对处于弱势地位，因此，强调对犯罪嫌疑人的人权保障具有特别的意义。很显然，我国现行的法律法规还不足以有效的保障犯罪嫌疑人及普通公民的合法权益，侦查实践中侵犯人权的现象还较为普遍和严重，因此，未来侦查程序的改革和完善应该以强化人权保障为主要目标之一。
（二）提高侦查效率是侦查工作的核心和关键
同侦查实务人员关注侦查效率、忽视人权保障形成鲜明对比的是，一些法学理论者在高度关注侦查中人权保障问题时，往往忽视或者很少关注如何防止侦查效率大幅度下跌的问题。固然，不应当以保障侦查效率为借口而阻止旨在强化人权的侦查程序改革，但是，在推进人权保障的侦查程序改革中，同样不能不顾及侦查效率问题。在侦查程序改革和侦查实务工作中，必须在保障人权和确保侦查效率之间寻求一种合理的平衡，既使基本的人权得到切实的保障，又要保证侦查的效率不会出现大幅下降。侦查最主要的职能是通过揭露证实犯罪进而维系社会的稳定和谐，因此，侦查效率便成了侦查工作追求的永恒价值目标。一旦侦查的效率降低到一定的限度，丧失了其对犯罪行为起码的震慑功能，那么，公民的人身自由权利、财产权利等将会惨遭犯罪行为的肆意侵害。
（三）追求侦查效益必须兼顾公正与效率的均衡
在追求侦查效益，尤其是侦查程序改革的进程中，如何均衡侦查公正和侦查效率问题一直是人们关注的焦点。笔者认为，一方面，在追求侦查公正时，不能过分强调客观现实中存在的问题，并以此为由阻止对侦查公正的追求；另一方面，追求侦查公正时又不能不顾及客观存在的问题。我国侦查程序的改革及其对侦查公正的追求应当与财政保障能力相适应，与政府、社会、公众对破案率水平及社会治安状况的心理承受能力相适应。根据我国刑事司法的现状，应当将保障侦查公正作为追求侦查效益优先考虑的目标，而且为了这一目标的推进，侦查效率可以做必要的让步和牺牲。但与此同时，侦查效率应视为侦查效益永恒的目标，在推进侦查公正的同时，必须兼顾侦查效率问题。这种兼顾表现在，一方面，在确立侦查公正的制度和规则的同时，应同步考虑如何尽可能降低对侦查效率的冲击；另一方面，侦查主体应积极努力的寻求提高侦查效率的新途径和新方法。
